故事發(fā)生在距今并不遙遠(yuǎn)的二十一世紀(jì)中期,主角林肯6-E和幾百個(gè)伙伴生活在一個(gè)類(lèi)似于烏托邦的地下社會(huì)中,在他們周?chē)窍冗M(jìn)的精密儀器,有條不紊的生活節(jié)奏和高效智能的防御系統(tǒng),雖然終日不見(jiàn)天日,但根據(jù)基地科學(xué)家的描述,在他們的頭上,整個(gè)星球已經(jīng)被核戰(zhàn)徹底地污染,已經(jīng)沒(méi)有任何生物能夠在那里生存。
烏托邦的生活雖然一切井井有條,但自然和自由更令人向往 ,所有基地的居民都盼望著一個(gè)抽簽的機(jī)會(huì),幸運(yùn)者將會(huì)被送到最后一個(gè)未被污染的地方,一個(gè)叫‘The Island’的世外桃源,而這一次獲得這項(xiàng)榮譽(yù)的是林肯6-E的女朋友,美麗的喬丹2-D。由于基地管理者的疏忽,一只外面世界的飛蛾飛進(jìn)了這座封閉已久的地下城市,它的出現(xiàn)令林肯6-E疑竇頓生,因?yàn)榘凑栈毓芾碚叩恼f(shuō)法,所有的生物都在核戰(zhàn)中滅絕了。
在飛蛾的帶領(lǐng)下,林肯6-E來(lái)到了基地的中心,在那里他看到自己從前被選中前往的朋友斯塔克威澤,但展現(xiàn)在面前的并非描述中的美麗,基地的科學(xué)家正為他施行手術(shù),他的器官被取出送出基地,至此林肯6-E終于明白:自己的生活其實(shí)一個(gè)巨大的謊言,他們都是被克隆組織控制的克隆人,他們存在的意義只是為本體提供新鮮健康的器官。
得以真相的林肯6-E帶著喬丹2-D逃離基地,進(jìn)入他們從未涉足的現(xiàn)實(shí)生活之中,他要前往洛杉基找到自己的本體,解開(kāi)關(guān)于自己身世的最后的秘密,但此時(shí)國(guó)家特工和基地組織的殺手已經(jīng)將他們鎖定為最危險(xiǎn)的目標(biāo),一場(chǎng)獵殺和抗?fàn)?,追逐與逃脫的斗爭(zhēng)已經(jīng)拉開(kāi)了序幕 。